Drėgmė kondicionieriaus sistemoje – vienas pavojingiausių veiksnių, apsunkinančių kondicionieriaus veikimą ir galinčių išvesti jį iš rikiuotės. Vanduo gali patekti į sistemą remontuojant kondicionierių, neteisingai užpildant taip pat su nekokybišku šaldikliu bei tepalu. Vanduo arba drėgmė sukelia vidinių metalo paviršių koroziją. Korozijos detalės nusėda ant filtro jį užteršdamos, taip pat ant plėtimosi vožtuvo garintuvo, kondenserio vidinio paviršiaus. Pablogėja kondicionieriaus darbo rėžimas, susilpnėja šilumos apykaita tarp šaldiklio ir metalinių paviršių.
Drėgmės ir tepalų reakcijoje aukštoje temperatūroje susidaro sieros rūgštis, kuri reaguoja su metalų paviršiais, sudarydama paviršinį sluoksnį. Kompresoriuje padidėja trintis, blogiau užsidaro vožtuvai. Kompresorius gali net užstrigti.
Drėgmę iš šaldiklio pašalina speciali medžiaga, kuri yra resiveryje arba akumuliatoriuje. Tačiau ji gali sugerti tik ribotą vandens kiekį.
Nesikondensuojančios dujos (oras ir kt.) padidina slėgį sistemoje ir sumažina kondicionieriaus efektyvumą. Padidėjęs slėgis padidina apkrovą kompresoriui, dėl ko padidėja įvairių gedimų tikimybė.